Primeiro, é necessário dizer que cirurgia de mudança de sexo não é feita só em homens, como também em mulheres (embora seja algo bem mais raro de se ver). Depois você tem que saber que, no Brasil, é preciso ter no mínimo 21 anos e enfrentar 24 meses de acompanhamento médico até que o bendito procedimento possa ser realizado.
E vamos lá...
1º) Homem > Mulher: No homem, é feita uma incisão que retira o saco escrotal e o pênis, isso tudo com anestesia geral. Os testículos são retirados para que se evite a produção de hormônios masculinos, e no final resta apenas a glande (a popular "cabeça do pênis") que servirá como um clitóris feminino (responsável pelo prazer sexual). O prepúcio e o escroto formam os lábios varginais. Depois do procedimento, aconselha-se praticar sexo regularmente para que a nova abertura não se feche, ou usar um alargador.. como preferir.
2º) Mulher > Homem: É basicamente o aumento do clitóris, que se dá pela ingestão de bastante testosterona (hormônio masculino). As consequências são: voz mais grossa, o fim da indesejada menstruação, mais massa muscular, mais pêlos, desenvolvimento do clitóris, entre outros. E quando o clitóris chega a 6 cm, ele é despreendido do púbis para que possa ser , digamos, mais independente. A uretra é aumentada com o tecido da ex-vagina, e os testículos ganham vida com o tecido dos grandes lábios vaginais. E é assim: a antiga vagina se transforma em um micropênis, que mal serve para penetração... uma satisfação mais psicológica do que física.